Program Studi Magister Pendidikan Matematika Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Syiah Kuala, disingkat Prodi MPMAT FKIP USK, mulai beroperasi pada bulan September 2011 sesuai dengan SK Menteri Pendidikan Nasional, Nomor 212/E/O/E2011 Tanggal 21 September 2011 tentang izin Penyelenggaraan Program. Pengoperasian prodi ini telah mendapat dukungan dari Direktorat Pendidikan Tinggi (DIKTI) melalui Program Aliansi yang melibatkan Universitas Pendidikan Indonesia (UPI) sebagai Perguruan Tinggi pembina.

Setelah lima tahun mendapatkan dukungan pengelolaan dari Program Pascasarjana Universitas Syiah Kuala (PPS USK), pada tahun 2016 kantor Prodi MPMAT dialihkan ke Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Syiah Kuala (FKIP USK). Pengalihan ini dilakukan melalui Peraturan Rektor USK Nomor 12 Tahun 2016 tentang Pengelolaan Program Studi Pascasarjana Mono-disipliner di fakultas dalam lingkungan Universitas Syiah Kuala. Sejak tahun inilah, Prodi MPMAT FKIP USK melaksanakan kurikulum berbasis Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI). Kurikulum tersebut dikembangkan untuk mendukung tercapainya visi dan misi prodi yang didasarkan pada (i) Pedoman Pengembangan Kurikulum USK tahun 2020, (ii) tuntutan dan kebutuhan masyarakat yang memanfaatkan lulusan, (iii) kebijakan-kebijakan di USK, (iv) isu-isu global, dan (v) capaian pembelajaran lulusan (Learning Outcome). Pengembangan kurikulum tersebut dilakukan dengan cara meninjau Profil Lulusan (PL). Mekanisme penyusunan PL dan Capaian Pembelajaran Lulusan (CPL) dilaksanakan melalui: FGD yang melibatkan dosen, pengguna, dan alumni; masukan dari Indonesian Mathematical Society (I-MES); analisis SWOT, tracer study terhadap pengguna dan alumni, survei kebutuhan pasar dan kebijakan di tingkat lokal, nasional, dan internasional; tuntutan revolusi industri 4.0; dan analisis terhadap visi dan misi prodi.

Kini, Prodi MPMAT sedang mengembangkan buku kurikulumnya berbasis Outcome Base Education (OBE) yang akan digunakan pada bulan Agustus 2024. Pengembangan kurikulum ini merupakan penyempurnaan dari Buku Kurikulum MPMAT Tahun 2020-2024 yang berbasis KKNI untuk mengakomodasi visi USK mengenai sosio-teknopreneur dan tuntutan akreditasi internasional.  Oleh karena itu, Buku Kurikulum ini memuat cara pengukuran CPL yang merupakan bagian penting dalam kurikulum OBE.

Prodi MPMAT memiliki 17 dosen tetap (5 bergelar profesor dan 12 bergelar doktor) dan 1 tenaga kependidikan bergelar magister, yang merupakan alumni MPMAT.  Mata kuliah yang dibebankan di MPMAT sebanyak 28 mata kuliah (termasuk tesis) dengan bobot 55 SKS (49 SKS merupakan mata kuliah wajib dan 6 SKS mata kuliah pilihan, dari pilihan 16 SKS yang disediakan). Prodi ini telah memiliki jurnal yang terindeks Sinta 2 yang bernama JDM (Jurnal Didaktik Matematika). Fasilitas perkuliahan menggunakan ruang 3.09 di RKU 3, yang pelaksanaan perkuliahan pada setiap hari Jumat dan Sabtu. Alumni MPMAT diberi nama HIMAGDIKA (Himpunan Mahasiswa Magister Pendidikan Matematika). Sejak berdirinya prodi ini hingga sekarang, prodi ini memperoleh akreditasi B.